首先要有感染菌。大肠杆菌是肠道内的主要细菌，所以也是肛周脓肿的主要感染菌。其次要有诱发因素。当身体疲劳、睡眠不足使抵抗力下降，或过食辛辣、饮酒、吃海鲜时，都可诱发肛窦感染，形成肛周脓肿。其发病过程一般是这样的：肛窦呈漏斗状，开口（大口）向上，下连肛腺口，肠腔的液体和粪便极易在此存留，当肛窦被感染发炎后（肛窦炎），炎症沿肛腺口逆行到肛腺，使肛腺水肿、发炎（肛腺炎）。炎症继续发展，由腺组织经血管、淋巴管侵人周围组织，成为肛周炎，即肛周脓肿的前期。炎症进一步扩展，终成为肛周脓肿。

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